Wykaz tematów badawczych realizowanych w Polskim Towarzystwie Prawa Wyznaniowego, prowadzących je Zespołów Badawczych i Kierowników Zespołów (stan na 21 maja 2009 r.)
I Zespół Badawczy: Demokratyczne państwo prawne wobec naruszeń prawa na tle religijnym (Kierownik: vacat).
II Zespół Badawczy: Finansowanie kościołów i innych związków wyznaniowych w Rzeczypospolitej Polskiej (Kierownik: dr Andrzej Czohara);
III Zespół Badawczy: Kwestie wyznaniowe w prawie Unii Europejskiej (Kierownik: dr hab. Piotr Stanisz);
IV Zespół Badawczy: Nauczanie religii w publicznych przedszkolach i szkołach (Kierownik: prof. dr hab. Artur Mezglewski);
V Zespół Badawczy: Nauka prawa wyznaniowego w krajach systemu „common law" (Kierownik: prof. dr hab. Tadeusz J. Zieliński);
VI Zespół Badawczy: Ochrona praw człowieka z zakresu wolności religijnej w odniesieniu do imigrantów spoza Unii Europejskiej na terenie Rzeczypospolitej Polskiej (Kierownik: prof. dr hab. Tadeusz J. Zieliński);
VII Zespół Badawczy: Podstawy prawa wyznaniowego Rzeczypospolitej Polskiej (Kierownik: prof. dr hab. Ryszard Mojak);
VIII Zespół Badawczy: Prawo wyznaniowe Polski Ludowej (Kierownik: dr hab. Piotr Stanisz);
IX Zespół Badawczy: Problemy wyznaniowe w orzecznictwie sądów i Trybunału Konstytucyjnego w Polsce od roku 1989 (Kierownik: dr Paweł Borecki);
X Zespół Badawczy: Wolność słowa a wolność religijna. Zagadnienia teorii i praktyki na gruncie Konstytucji RP (Kierownik: dr Paweł Sobczyk);
XI Zespół Badawczy: Współdziałanie Państwa i Kościoła na rzecz obrony i poszanowania małżeństwa i rodziny (Kierownik: prof. dr hab. Ryszard Sztychmiler);
XII Zespół Badawczy: Świadczenie usług turystycznych przez związki wyznaniowe (Kierownik: dr Anna Tunia).